Ответ: All used colors?
Не знаю с какой версии, но в CS3 используемые цвета можно добавлять штатным способом. Думаю, что и в CS4-5 это работает.
Выделить объекты цвета которых нужно добавить (например, все) и в палитре Swatches нажать кнопку New Color Group (пиктограмма в виде папочки с...